Ketika sedang bekerja di bawah tanah untuk memperbaiki pipa air, Mario dan Luigi, yang merupakan tukang ledeng dari Brooklyn, tiba-tiba terhisap ke dalam pipa misterius dan masuk ke dunia yang sangat berbeda. Mereka berada di tempat yang ajaib dan aneh. Tapi sayangnya, mereka terpisah satu sama lain. Mario memulai petualangan besar untuk mencari dan menemukan Luigi.